本作故事模式方面将于《究极风暴：世代》相同，并无主线剧情，而是以章节故事的形式展开。故事包含三个章节：两个宇智波之章、晓之创立之章、遥远希望之章，三个章节均为原创故事，岸本齐史亲自监制。
两个宇智波章节讲述了屠族之前的暗部宇智波鼬与宇智波止水之间的故事，晓之创立章节讲述了佩恩与小南如何在阿飞的指引下一个一个地招募晓成员的故事，遥远希望之章讲述了鸣人母亲玖辛奈与水门小队之间的故事。
另外，本作将加入全新的“忍界武斗祭”模式，允许四方战斗，但仅限于1P模式，不能用于联网对战。 本将拥有三处全新变革，一是玩家可以操作的角色高达100人，二是全新的合体奥义，三是战斗系统的重大改变。
小队战的模式分成了三类，分别是：奥义型、觉醒型、援护型，单人战则分为奥义型和觉醒型。三种战斗类别只能选择其一。
奥义型可以使用奥义（包括合体奥义）和连携奥义，本作新出的合体奥义能使特定的角色搭配使出合体奥义（如试玩版中的佐助与鼬的“天照 二重”），普通奥义的查克拉消耗改为40%且伤害与前作无明显区别，连携奥义的攻击方式变为让援护先起手冲刺然后自己冲刺，且必须在风暴槽为满值时才能使用。
觉醒型则可以在战斗中随时推动右摇杆进行即时觉醒，与前作不同的是觉醒分为即时觉醒和真觉醒，即时觉醒与前作类似，但取消了攻击的惯性以及冲刺的强度，而真觉醒则与原作的逆境觉醒类似，与奥义型一样，真觉醒必须要在风暴槽为满值的状态下才能通过长按查克拉键发动，并且真觉醒期间场地会发生变化。
援护型与先前作品小队战模式时类似，不同的是本作前两个类型仅能召唤援助，而援护型是唯一能够发动援护驱动攻击、集气防御、支援射击、奥义替身等援助操作的类型，当风暴槽为满值时能够使用封印结界，对对手造成一定伤害的同时使对手一定时间内无法使用战斗类型的能力（奥义、觉醒），并且封印60%查克拉槽和两个替身槽。需要注意的是本作的援护有体力值，当援护受到攻击时体力值会下降，归零则会阵亡，但在一段时间后又会复活。
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