美杜莎在《斗破苍穹》中下线的时间为三年。

美杜莎是《斗破苍穹》中的一个重要角色，是蛇人帝国的女王，拥有极高的实力和智慧。她的性格刚烈，冷酷无情，但对主角萧炎却展现出了柔情的一面。在剧情的发展中，美杜莎与萧炎经历了许多生死考验，最终两人走到了一起，并育有一女。

美杜莎的下线发生在《斗破苍穹》的故事后期，具体是在萧炎成为斗帝之前的三年。在这一时期，美杜莎因为某些原因暂时离开了萧炎和蛇人帝国，独自前往了一个未知的地方。她的下线对剧情产生了一定的影响，不仅让萧炎感到孤独和无助，也让蛇人帝国陷入了一段时期的动荡。

美杜莎下线的具体原因和细节在小说中并没有详细描述，但可以从故事的整体脉络和角色关系中推测出一些可能的原因。一方面，美杜莎作为蛇人帝国的女王，她可能需要处理一些帝国内部的政务和纷争；另一方面，她也可能在追寻自己的身世之谜或是寻找提升实力的方法。无论何种原因，美杜莎的下线都为故事增添了更多的悬念和期待。

在《斗破苍穹》的故事中，美杜莎的下线时间虽然只有三年，但对于主角萧炎和整个蛇人帝国来说，这段时间却充满了挑战和变化。萧炎在这段时间内不仅努力提升自己的实力，还积极寻找美杜莎的线索，希望能够早日与她重逢。而蛇人帝国也在没有美杜莎的领导下，经历了一段时期的混乱和重建。最终，在萧炎的努力下，美杜莎得以重返蛇人帝国，并与萧炎再次并肩作战，共同迎接新的挑战。

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