作为《超级马里奥世界》的续篇——《超级马里奥世界2：耀西岛》讲述了库巴为实现自己的罪恶野心，利用时空魔法回到过去的世界企图把襁褓中的马里奥兄弟扼杀在摇篮里，可爱、勇敢的小恐龙耀西挺身而出，带着幼年的马里奥踏上拯救小路易基的冒险之路……宫本茂把本作称为“可以真实体验的童话书”，这部作品颠覆了以往历代作品的传统而采用了全新的手绘风格，其营造的世界观仿佛出自稚童笔触下蜡笔涂鸦，2D与3D完美融合的异质之美体现出东方人独特的审美观。（如图）由于卡带中搭载了最新的SUPER FX芯片使得游戏的表现力非常强劲，耀西以及其他角色的动作表情丰富多彩。对于过去部分玩家对马里奥系列的BOSS战相对乏味的症状，本作每个大关中间与最后都设置了形象鲜明丰满的BOSS，玩家必须通过缜密的思考去发现其存在的弱点，不再像过去一样“一踩了之”。

利用FX芯片，宫本茂创造了一种新的编程技术：Morphmation。各种人物的扩大,缩小,旋转,变形被发挥的淋漓尽致。利用卡带16Mbits内存，理论上能够在每个画面同时允许100个敌人作出不同的动作， 从规模水平来看这是可以说是最大的SFC马里奥游戏了。耀西的动作非常繁多，主要有射出耀西蛋，撞击地面,滑雪,变形成为各种车辆等等。如果耀西受到敌人的攻击，马里奥宝宝将会从其背上掉下来，在空中形成一个泡泡，如果耀西不能在计时器归零之前找回马里奥宝宝，则GameOver。你可以通过收集各种各样的道具来使计时器的时间延长。

本作每个关卡设定的特殊之花、红硬币、问号云等设施都需要你去挖掘。每关结束以后游戏会根据关卡物品收集度来判定分数。如果在每大关中的每一阶段全部获得100%分数，则会开启乐趣无穷的隐藏关。这也成为了游戏的一个很好的卖点。《耀西岛》也是马里奥正统系列中物议最多的一款作品，许多评论家指责该作品极端低龄化的创作思想完全偏离了过去任天堂致力将马里奥系列全年龄化的方向，另外过于纷繁复杂的操作方式也使得一大批原先的忠实支持者对之望而生畏。不管怎么说，任天堂通过本作悄悄完成了主力开发团队的交接班工作，宫本茂从此退居幕后担任统括指挥而不再参与游戏的直接开发工作，小泉欢晃和青沼英二为代表的一批青年员工开始活跃在战斗的最前沿。

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