1无法解释某些物种的“断层”。有些物种与其疑似的祖先之间差别很大，好像一夜之间进化了很多。
2无法解释高等动物精密器官的进化过程。比如，按进化论来说，人是某种较低等动物进化来的，关键就在于人拥有其他动物没有的手。但是在所谓的人类祖先会使用工具之前，四肢奔跑一定比直立行走更能在野生环境下生存。而要是进化出来手，就必须先只用后蹄走路。疑问就是，大自然有什么理由让这个“人类祖先”在漫长千万年里抬起前蹄，只用后蹄，好像作揖的狗那样走路？无法说明为什么要这样滑稽地走路，放弃灵活地运动，只为了几千万年后的子孙可能进化出天知道会不会有的这样一个东西——手。
还有一楼说的脊椎动物的眼睛。脊椎动物的眼睛是相当精密的一种仪器，只要残缺一点点就什么都看不见。要么就是进化得100%能看见，要么就算差1%也会完全无用。问题是，大自然为什么让多少亿年前的某种动物，1%，2%，3%直到100%，千万年身上一直带着一个不进化完成100%就完全无用的东西？
3无法解释为什么所谓“同祖先”的物种之间如今的差别如此巨大。比如，被大家广泛接受的人与猩猩等灵长类是同源。如果智力的进化可以带来更高的生存优势，为什么千万年来，人类的智力相对远古猿猴高很多，而猩猩几千万年来智力并没有明显地提高？
4无法解释为什么物种要绕弯路进化得复杂，但却不一定获得更高的生存优势。按进化论来讲，动物为了更好地生存，智力会越来越高。但现实是只有人类才拥有理性的智力，为什么没有其他任何一物种显示出进化成高等智慧生物的趋势？如果高等智力真的那么重要，物种应该都是朝着高智商方向发展。可是复杂如哺乳动物并没有简单的细菌生命力更强更能躲过灭绝的命运，如此复杂地进化为了什么？进化论面对这个情况完全自相矛盾了。
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其实拿人类自身来探究，就会找出很多进化论的缺陷，有很多东西进化论完全解释不出来。人类文明历史和使用工具的历史很短暂，而这之前，我们这样没有御寒皮毛、没有尖牙利爪、没有敏捷速度，可以说身体素质绝对低能的生物，怎么可能在荒野和森林中存活？人类会使用工具的几万年前，这种毫无野外生存能力的生物存于世上就是个荒谬的逻辑，可事实上人类的确就存在了，这是为什么？
综合这些无法解释的现实，造物论也并不是完全没有部分正确的可能性。各类物种究竟是“进化”出来的，还是“被创造”天生就是这样的，科学或宗教都没有令人信服的证据。只是这种“造物”不一定是宗教神话上所说的上帝一挥手世界就诞生，而可能是某种我们未知的或被忽视的、自然的或人为的“蓝图”。
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