故事发生在距今遥远的未来，地球上仅剩下28个拥有宝石之身的人形生命体，以及统领着他们的金刚老师。
28个宝石各由不同成分的矿物所组成，也因此有不同的特质，除了物理上的身体硬度、韧性外，内在个性也截然不同。在他们身上，没有所谓的性别，也没有所谓的死亡，即使粉身碎骨，也还是有重组而“死而复生”的可能。
而为了抵抗欲将宝石带回月球作为装饰、日复一日前来侵袭的神秘种族“月人”，他们为彼此分配了不同的职责，并两两组成战斗小组，随时备战。但其中硬度低、韧性最为下级的磷叶石，由于太过脆弱，即使一心想要战斗，却未被分配到任何职务，最后被金刚老师分配了“编写博物志”这个任务。
不知从何做起的磷叶石，决定从找寻“尚未知晓”的事物开始，此时他被建议询问从不在白天出没、其他宝石也都知之甚少的辰砂。辰砂拥有强大战斗实力，却因会散发毒液而将自己禁闭於黑夜。在试著接近这个神秘同伴的过程，软弱的磷叶石心中开始产生了变化，故事由此展开……
《宝石之国》分卷剧情
1、第一卷
“在遥远的未来，我们成为了「宝石」……”
二十八个拥有宝石之身的人形生命体，就算粉身碎骨，也能死而复生。面对日复一日前来侵袭的神秘种族“月人”，他们展开了一场又一场的战斗——究竟地球上为何只剩下这些宝石们，月人要将他们带往月球的目的又是什么？
2、第二卷
“这个星球上，曾经有过一种生物，唤作「人类」。”
在遥远的未来，有着不死之身的 与“月人”的战斗持续着。而主角磷叶石在某次战斗中与谜样的蛞蝓状生物温特利可丝丝相遇，并在她的邀约下一同前往海底深处。没想到，在那里等着他们的竟是......[9]
3、第三卷
“身为低硬度的宝石，要是连勇气都没有，就什么都不剩了。”
进入冬季，除了失眠的磷叶石，只在冬天行动的南极石及金刚老师外，所有的宝石都进入了冬眠，跟着南极石一同行动打断磷叶石，不只再度面临与月人的战斗，更将在这个冬天遭遇一场前所未有的失去.....
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