故事的开始是一名叫“吉”的少年在进行试炼，试炼结束后出现了三位老者，其中一位被称作教授，从他们的对话中可以看出，准备让其完成一项非常重要的任务。
随后少年在菲娜的家中苏醒，并且失去了所有的记忆，从菲娜的口中得知自己是被菲娜的父亲从魔法森林中找到的，随即决定前往魔法森林寻找失去的记忆。
通过四方打听，终于在村子中找到了一把旧宝剑，少年带着旧宝剑前往森林深处，一路杀怪前进，直到在魔法森林的深处遇到了被蘑菇怪所困住的菲娜。
正义感十足的少年，使用宝剑将菲娜身边的蘑菇怪全部消灭，这也受到了菲娜的认可，并准备帮助少年寻找失去的记忆，并为这个少年起了一个好听的名字“库洛”。
菲娜是一名魔力拥有者，拥有自然的魔法，在菲娜的帮助下，库洛可以发动自然魔法攻击。
两人也成功的到达了库洛被发现时的地点，但是这个地点出现了三个魔族，他们似乎正在酝酿着什么阴谋，并放出了森林守护者，准备使其攻击村的。
库洛和菲娜两人为了保护村子和森林守护者展开了战斗，并成功的将森林守护者消灭掉，森林守护者被消灭掉之后，身上溢出的能量激活了旁边的马基石，好奇的两人前往马基石旁边进行查看，无意中激活了马基石，穿越到了古代。
此时，两人只觉一阵天旋地转，随后发现周围的场景似乎有一点点不一样的地方，但也没有过多的追究，因为要马上返回村子，告诉村民们有魔族活动的迹象。
在返回的路上就发现有许多不一样的地方，直到来到河边上桥之后，菲娜才发现自己的村子已经没有了，两人猜测应该是之前的战斗，吓得村民们都躲进了山里。
之后两人决定前往山里寻找村民，在村子原来的位置看到了一个正在钓鱼的人，此时的菲娜只是感觉这个人和自己的父亲非常相似，也没有多想，和库洛一起来到了灰熊通道。
费尽千辛万苦，两人穿过了迷宫一般的灰熊通道，在尽头发现了一名被士兵围捕的魔族女子，从魔族女子的话语中可以她是从吉落教授的实验室逃出来的。
最终极乐放走了这个魔女，并帮助他阻拦了追击的士兵，但是也被达尔金抓进了地牢。
地牢之中有大量的士兵把守，地图复杂难走，库洛在地牢中也被没收了武器，在菲娜的陪伴下，库洛走出了迷宫一般的地牢，找到了武器，来到了帝国的竞技场。
在竞技场中通过达尔金和洛泰尔的对话，了解到魔女似乎对吉洛教授有很重要的作用，魔女的身份很特殊。
之后洛泰尔和玛古斯的对话中透露出吉洛教授正在秘密制作一种杀伤力很强的武器，这项武器很有可能被用来对付魔族。
画面进入竞技场，在竞技场中库洛遇到了一个强大的敌人蒙诺斯。
蒙诺斯是一个神秘的魔族，有着强大的魔法技能-一招从天而降的掌法，在竞技场中被库洛击败之后，带着库洛从竞技场的秘密通道逃了出去。
之后库洛的队伍中增加了一个强大的战士蒙诺斯，库洛也多了一项技能，一行人沿着地下道来到了热那亚。
此时蒙诺斯和库洛的身份都属于被通缉状态，为了能够出城一行人来到旅馆，找到内院中的玛德伟，为了出场需要获得150金币，菲娜为此打了两份工，获得足够的金币后，得到了出城的地下通道钥匙。
在此期间通过和士兵的聊天也能发现一些时间线上的端倪，此时正处于帝国和魔族的决战时刻。
库洛等人出城之后准备前往永夜之森，在准备过桥时，发现桥被帝国的士兵控制着无法过去，这是蒙诺斯发动了技能将一块巨大的石头搬上地桥，挡住了帝国的士兵。
永夜之森一共有六只鬼，当几人消灭六只鬼之后，发现前面的道路还是无法通行，随后找到了永夜之森中的怪物雅塔伊，雅塔伊是一只整日与鬼魂打交道的怪物，在库洛等人击败6只鬼后也没有为难他们，让他们三人顺利的通过了永夜之森进入魔族的领地。
此时才发现原来蒙诺斯是魔族的王子，在魔族的身份很高，库洛和菲娜之后来到了魔族族长的帐篷内，在蒙诺斯和族长的对话之中发现魔族已经处于岌岌可危的状态。
此时蒙诺斯的孩子力诺出现了，然而力诺对库洛和菲娜并无任何好感，认为所有的人类都是坏的，和蒙诺斯吵了一架，跑了出去。
库洛三人随后来到了魔族后面的悬崖上，此处正有一个石碑，正是马基石。
此时地面突然震动起来，蒙诺斯的儿子力诺也跑了过来，在力诺的口中得知此时帝国军队正在攻打魔族。
随后玛古斯带领着帝国士兵走了上来，此时玛古斯的注意力都在蒙诺斯身上，蒙诺斯让儿子力诺赶紧逃跑，自己和库洛等人留了下来。
蒙诺斯上前和玛古斯对峙，从玛古斯的口中得知原来他们是跟随着库洛一行人来到了魔族领地，此时的蒙诺斯后悔不已，但也为时已晚。
就在此时玛古斯对蒙诺斯发动了魔法攻击，蒙诺斯被身后的菲娜提醒躲过了魔法攻击，但是玛古斯的魔法击中了身后的马鸡时。
库洛三人在玛古斯的眼中瞬间消失了。
原来玛古斯的魔法触发了马基石的时空穿梭功能，库洛三人穿越到了未来。
库洛和菲娜两人经历了两次时空的穿梭，已经有了一点经验，
。
然后前往风之谷，将飞行器交给风之谷中的西德，然后回到了未来，再次来到风之谷，发现风之谷已经变了模样。
四人来到风之谷的最顶端，发现西德将飞行器留了下来，但是现在却神奇的消失了，为了补偿库洛，他们允许库洛使用下面的马基石。
库洛等人通过这个马基石穿越到了马基时代（马基时代的画风和库洛在训练时的画风一致，让人不得不能想到库洛或许就是从这里穿越过去的）。
凡人发现马基时代居然有一个巨大无比的时空漩涡，四人利用超级大炮进入时空漩涡，在时空漩涡中找到了被修复的飞行器和时空碎片。
随后四人返回未来，并可以乘坐飞行器在天空中飞行，找到马基岛后穿越到了现代，并找到了海盗的巢穴，拿出海盗船长交给他的那面旗进入了海盗岛，在海盗岛中击败所有人之后，获得了火之碎片。
得到火之碎片后一行4人，重新穿越到了过去，来到了左上角的一片红色大陆上，在这里见到了曾经关押库洛的上校达尔金。
达尔金也认出了库洛等人，此时的达尔金正面临着一场玛古斯的阴谋，在玛古斯的计划中首先征服魔族，然后带领魔族推翻帝国，建立自己的王国。
库洛等人随机表示愿意帮助达尔金粉碎玛古斯的阴谋，但是达尔金只能听命于帝国，而不可以违背军人的意志，听从库洛的安排，但是当库洛拿出帝国勋章之后，达尔金决定和库洛一起消灭魔法师。
随后库洛和达尔金一起带领着众人将魔法师全部消灭，并击败了玛古斯获得了土之碎片，此时众人才知道原来达尔金一开始就发现了帝国勋章的问题，但是为了帝国的未来还是装作不知道，羁绊了魔法师之后，达尔金决定前往皇帝面前领罪。
为了寻找冰之碎片，库洛等人穿越到了未来世界，在未来世界找到了冰冻大陆，在山洞中找到了一块马基石启动穿越回了古代。
此时的冰冻大陆上还有大量的维京人，库洛在这里完成了维京人的考验，找到了风神之书，将这本书交给了蘑菇头的故人，从而获得了冰之碎片。
最后几人来到了风之森林，发现这里并不受时间的约束，无论是古代现代还是未来，这里都保持着原来的时间。
菲娜也在这里了解了自己的身世，原来自己身上一直都有精灵的血脉，所以拥有自然的能力。
在古代时期，菲娜村子口钓鱼的男人原来就是菲娜的爷爷，菲娜告诉爷爷，让菲娜的奶奶在悬崖处等菲娜。
当几人再次穿越回现代时，悬崖旁出现了一颗精灵之眼，拿到精灵之类的几人回到风之森林取得了自然碎片。
集齐碎片的库洛等人找到了西里斯，在希里斯的操作下，5枚碎片结合成了马基钥匙，最终改变了历史，抹除了大灾变。
但是随即几人就发现了西里斯的异常，接着西里斯开始为库洛解答疑惑，原来西里斯从小就拥有很强大的能量，但是被吉洛教授抓住之后，体内的大部分能量都被抽取了出来。
然而现在抹除了大灾变，也就抹除了实验室的存在，西里斯的能量全部回归到了体内，西里斯的使命就是消灭时间守护者，终结时间。
库洛决定保护时间守护者随后和西里斯展开了战斗。
游戏的最后库洛击败了西里斯，和西里斯一起消失在了时间的尽头。
外面只剩下菲娜一个人独自守候，等待着库洛的归来。
接着画面不断跳转，库洛所经历的人物画面一一闪现，所有的事情都向着好的方向发展，只有一位白头发的老头在时间漩涡中打扫卫生。
最后，菲娜建造了一个实验室，在实验室中出现了一个和库洛一模一样的人。
最后的最后，库洛在斐娜的房间醒来，似乎重新回到了起点，或许这就是时间的循环，或许这是新的开始。
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