1.基本系统：
PSP版《薇欧蕾特的工作室：格拉姆纳特的炼金术士2》的系统方面，除了之前玩家们所熟悉，将各式各样的复数素材道具给组合制造出全新道具的“调合”之外，在本作中登场的道具，都有着表示基本能力的“道具效果”，与代表这个道具本身个性特质的“从属效果”两种特性。其中道具效果是指道具本身所具备的能力，如“HP回复”、“可以在水中呼吸”等能力，至于从属效果，则是指道具本身所附加的，例如像是“破坏力增加+1”、“不容易腐烂”等追加特性。
2.调合系统：
当玩家们在进行调合的时候，会随着这两个特性，而创造出虽然外表相同，不过本质特性与能力却是截然不同的相异道具出来。简单来说，调合时材料本身所拥有的从属效果会延续到新的道具身上，不过道具效果却会随着合成而产生变化，因此玩家可以把握这个特性，借此创造出能够一击打倒敌人的超强道具出来！
3.道具数量：
同时在PSP版《维欧拉特的工作室：格拉姆纳特的炼金术士2深蓝色的记忆》中，将会有着多达前作1.5倍之多，总计150种类型以上的道具登场，其中除了有可以给予敌人伤害得道具之外，还有能够帮我方伙伴回复状态的道具等各种类型，同时玩家们也可以把自己调合出来的道具拿来摆在店里进行贩卖，借此大赚一笔。而随着客人们对自己炼金工房的评价与繁盛程度，将会连带影响整个村子的评价，并使得村子的发展与未来随之改变，也就是说，整个村子未来的发展，都掌握在玩家们自己的手中！
4.贩卖道具：
在《薇欧蕾特的工作室：格拉姆纳特的炼金术士2》中，最主要的目的，就是要通过主角的炼金术来让人口日渐外流减少的“卡洛迪村”兴旺发展。在游戏里，玩家们可以在村子里开设自己的炼金术道具专卖店“维欧的店”（Violaden），而依照玩家们在店里道具配置跟上架的数量内容多寡，将使得商店的销售额产生变化，同时“维欧的店”也将设有经验值与评价等级的设定，当店里愈来愈繁盛的时候，将使得这个评价等级上升，此时不但商品架增加，可以贩卖更多道具，而且村庄也会因此而变得更加热闹有活力，还会有更多客人跟新居民搬入到村子里；
由于这些人都是因为店里贩卖的道具才来的，因此商品的类型将会影响村子的发展方向，例如玩家如果都是制作美食类道具，将使得村子成为一个美食街；如果都是武器类，则将让村子发展成要塞都市之类的城镇。
5.角色轮换：
另外游戏里，玩家们除了可以让女主角维欧拉特担任店员之外，也可以请村子里认识的人来担任这个店员工作。不过要设定店员，必须要跟该角色交友值（也就是友好度）达到一定程度才行。由于在店员看店的时候，维欧将可以自由行动去进行远方地点的素材采集，因此将可以有效利用时间来进行各种道具制作。不过要注意的是，当玩家们雇用店员看店的时候，此时店里的评价会依照该角色而有所改变，因此玩家们在店员选择上可要慎选才行！
6.拍卖要素：
另外，在PSP版《薇欧蕾特的工作室：格拉姆纳特的炼金术士2》中还将收录“拍卖会”（Auction）的要素，这是村长为了促进村子发展所举办的一年一次大型活动，在这个日子里，村民们将会拿出各种珍奇道具出来贩卖，并把赚来的金额当作是全村的复兴资金，玩家们也可以把握这个机会，拿出自己调合制作的道具，在这个拍卖会上好好大捞一笔，作为促进村子发展的手段之一！附带一提，虽然拍卖会中所获得的资金都会拿来作为复兴基金，因此卖家并不能获得报酬，不过如果连续三年商品都卖出高价的话，将可以获得额外赠品作为礼物，而且除了玩家之外，如果其他角色获胜，还将会有令人意外的事件展开！
7.素材采集：
至于在游戏的采取要素方面，在游戏中，将会有许多个采集点登场，而每个采集点所能够收集到的道具素材都不尽相同，而前往比较远的地方采集时，所需要花费的时间也会比较久；不过由于某些特定道具可以缩短移动时间，因此玩家们也可以试着来制作看看，借此增加采集的效率。另外，采集时还将会有机会遭遇敌人怪物，因此玩家们在采集时，最好雇聘友好值比较高的冒险者角色作为伙伴同行。
8.战斗系统：
而当发生战斗的时候，基本上战斗系统跟前作《炼金术士尤蒂》一样，敌我双方都会有HP（耐久力）、MP（精神力）跟LP（生命力）等数值，当这些数值各自归零时就会无法行动。而且某些特定敌人，如幽灵或元素系的敌人，并不会受到特定攻击如HP伤害，因此玩家们在战斗时，必须掌握对方弱点，才能进行有效率的战斗。
附带一提，游戏内伙伴们都拥有各自不同的技能，这些技能有些能让买东西价格变便宜，有些则是会在战斗中自动守护女主角等等，而且技能种类会依照冒险者等级提升而增强，玩家们可以利用升级时得到的技能点数来有效分配提升强化这些技能。
游戏最大的新要素将新增加原PS2版没有的新角色，值得各位玩家期待。此外在系统上也追加了新的事件以及结局路线，游戏份量增大。以及改良了许多细节，使的游戏节奏更加顺畅，并配合了PSP掌机的便携性作了诸多调整。
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