第三季故事以吾郎在海堂高中棒球部二军与队友们共同努力，在饯行赛中击败海堂一军，吾郎选择自动退学为开端，描绘了吾郎追求梦想与挑战的新棒球生活篇章。

吾郎转学到仅有8名男生的圣秀高中。在他的不懈努力下，他亲手建立了圣秀高中有史以来的第一个棒球部，队员包括清水的弟弟清水大河、曾经吊儿郎当但被吾郎的投球所感动的藤井，以及因为父亲的阻挠而几乎放弃棒球，却在吾郎的激励下重新燃起斗志的田代。此外，还有那些从未接触过棒球、运动神经异常差却因吾郎的真诚而决定支持他的各位菜鸟队友们。吾郎与这些队友们一同练习、共同挥洒汗水，终于在高三迎来了高中棒球夏季联赛。

为了击败海堂，吾郎和他的队伍面临了诸多强大的挑战者。其中包括好朋友小森和山根所在的三船高中代表队，以及由香取和唐泽组成的超强组合所在的久里山高中代表队。在激烈的竞争中，吾郎和他的队伍能否击败这些强队，从而获得挑战好朋友佐藤寿也所在的海堂一军的机会，这是他们所面临的重大挑战。

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