民办本科和公办本科的区别是：经费和学费不同、师资上面的差别、社会认可度不同、招生渠道不同、组织不同、主管主体不同、教学设施不同、办学目的不同。
一、经费和学费不同
民办本科院校的办学经费，主要是靠社会组织或个人的出资、其他组织和个人的捐助、收取学生的学费。这是民办本科院校与公办本科最根本的区别。民办院校收取学生的学费，是学校办学经费的主要来源，所以，民办院校的学费一般比较高。
公办本科院校的办学经费，主要是财政性资金的投入和收取学生的学费。其中财政性资金是主要来源，收取的学费只是辅助。
二、师资上面的差别
民办本科院校的资金来源有限，在基础设施的建设与维护方面，投入不会太多，所以教学所需的设施设备，相对来说不会太完善。
公办可以享受的师资待遇与民办的自聘自费是有很本质的区别，也是很多家长所顾忌和顾虑到的，就目前的情况来说，民办的师资短板已经在渐渐的缩短了；公办院校有国家财政做保障，在国家重点建设的院校中，学校的基础设施设备相对比较完善。
三、社会认可度不同
国家承认民办本科院校毕业生的本科学历，但是在社会中对民办本科院校的认可度并不高。
一是考生与家长对民办院校的认可度不高。这一点我们可以从民办本科院校的录取分数中看出来。以前民办本科院校的高考录取，都是在本科第三批，执行的是在三本控制线，少数学校的录取分数能够达到二本分数线以上。
随着三本与二本的合并，现民办本科与公办本科同在本科第二批录取，但是民办本科院校的录取分数低仍然是在本科的录取的低分段。这样也造成了民办本科院校的生源质量不如公办本科院校。
二是用人单位对民办院校的认可度不高。这是存在的普遍现象。
四、招生渠道不同
公办学校的招生渠道，按照教育局的规定划片接收。民办学校的招生按照自愿原则由学校和家庭双方协定。
五、组织不同
公办大学是指由国家举办的学校，其办学经费全部来自国家财政拨款。而民办高校是指企业事业组织、社会团体及其他社会组织和公民个人利用非国家财政性教育经费，面向社会举办高等学校。
六、主管主体不同
民办高等院校一般由院校所在省、市、自治区的教育厅或教委主管，公办高等院校则由院校所在省、市、自治区级政府主管。
七、教学设施不同
民办本科院校的资金来源有限，在基础设施的建设与维护方面，投入不会太多，所以教学所需的设施设备，相对来说不会太完善。 公办院校有国家财政做保障，在国家重点建设的院校中，学校的基础设施设备相对比较完善。
八、办学目的不同
教育本来是公益性事业，但是民办本科学校有民间资本的介入，大多数民办院校还摆脱不了资本的固有属性，所以对于大多数民办院校来说，盈利是他们办学的目的之一。
公办学校，所需要资金主要由国家投入，本质上是国家职能实现的一种方式，虽然也收取学费，但是公办院校不以盈利为目的。
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