七龙纪40年，萨-艾朗以生命封印恶魔于地底，钥匙是其头颅--阴影头骨。月蚀之夜恶魔可活动，公主伊莎贝尔被标记，目标是生下半人半魔的黑暗弥赛亚。尼科莱王子与伊莎贝尔相爱，阿格雷尔监视伊莎贝尔，后因爱意被发现。婚礼当天恶魔入侵，尼科莱战死，伊莎贝尔被俘，后得救。战争中，马卡尔提出复活尼科莱的计划，女皇被蒙蔽，局势混乱。

雷拉格成为精灵族长，统一黑暗精灵，并与恶魔作战。帝国分裂，泽希尔复国，救出哥德里克。拜娅拉伪装伊莎贝尔，建立傀儡政权，战火蔓延至艾罗兰，精灵王阿拉伦战死。芬丹救出将领，收复失地，泽希尔与雷拉格联手救出伊莎贝尔。拜娅拉暴露，恶魔君主卡贝勒斯利用伊莎贝尔诞下黑暗弥赛亚。

拜娅拉自立为圣徒，法蕾妲反抗，救父成为目标。乌尔夫斯坦与帝国军激战，法蕾妲救父后复仇，杀拉兹罗。地下，伊拉娅与雷拉格联手，消灭恶魔，解救了伊莎贝尔。阿兰蒂尔统一死亡国度，追踪恶魔源头。兽族首领高泰崛起，库金与阿兰蒂尔相遇。阿兰蒂尔揭露恶魔计划，联盟形成，攻下塔伦嘉德。

二十年后，预言揭示黑暗救世主的来临，塞拉斯寻找杉瑞提水晶，遭遇亡灵巫师。在战斗中失去水晶，但最终救下莱娜，与她共同对抗阿兰蒂尔。结局因玩家的选择，塞拉斯可能释放或毁灭魔鬼君主，结局因热娜或莱娜的陪伴而各异。

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