一之岛

与神奇宝贝网络中心中的阿锦对话开始寻找红宝石。

经过火照山道，前往灯火山。

途中的灯火温泉与老爷爷对话可以获得秘传技学习器06（岩石粉碎）

灯火山

灯火山内部可以遇到火焰鸟。

灯火山山脚可以遇到火箭队队员，击败后进入洞穴获得红宝石。

一之岛

与神奇宝贝网络中心中的阿锦对话交出红宝石，获得彩虹通行券，开始寻找蓝宝石。

前往四之岛。

四之岛

神奇宝贝饲育屋可以进行神奇宝贝培育。

进入冻瀑洞窟。

冻瀑洞窟

内部可以获得秘传技学习器07（鱼跃龙门）

登上瀑布后与科拿一起与火箭队队员对战。

前往五之岛。

五之岛

前往火箭队仓库，由于没有密码无法进入。

五之岛西侧岛屿的老爷爷会给予蛋。

前往不归之穴，与秋穗对战后他会回到高级度假村，给她看正确的神奇宝贝，她会随机送出一份礼物。

前往六之岛。

六之岛

通过水之步道和绿之步道前往记号树林，穿过记号树林可以到达外岛的变化洞窟，在有E卡刷卡器的情况下在这里可以捕捉E卡的神奇宝贝，在有官方配信的情况下这里可以捕获配信的神奇宝贝

通过遗迹山谷前往点之穴。

点之穴

最底层蓝宝石被火箭队研究院澄夫抢走，获得火箭队仓库的密码。

返回五之岛，进入火箭队仓库。

火箭队仓库

在内部与澄夫对战后获得蓝宝石。

回到一之岛。

一之岛

与神奇宝贝网络中心中的阿锦对话交出蓝宝石，之后就可以与红蓝宝石版，绿宝石版、神奇宝贝圆形竞技场、神奇宝贝XD：暗之旋风 黑暗洛奇亚及神奇宝贝整理箱 红宝石·蓝宝石通讯。

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